普洱茶主要色素物质是茶黄素、茶红素、茶褐素，目前认为这三种色素是茶多酚的主要水溶性氧化产物。
茶黄素是茶汤“亮”的主要成分；茶红素是茶汤“红”的主要成分；茶褐素是茶汤“褐”的主要成分。
(1)普洱茶在贮存过程中的茶黄素含量的变化波动性较大，其总趋势是：干仓茶的茶黄素含量增加，湿仓茶的茶黄素含量减少，
(2)贮存过程中的普洱茶茶红素含量的变化，呈现：
生普洱茶在干仓贮存过程中呈增加趋势，分别由贮存前期的7．47％(干仓生普洱散茶)和7．22％(干仓生普洱饼茶)增至2年期的7．73％、7．77％；
而在湿仓中，不论是生普洱茶还是渥堆发酵的熟普洱茶，其茶红素含量均大幅下降，2年期时降幅分别达35．55％(湿仓生普洱散茶)、47．40％(湿仓生普洱饼茶)、65．96％(湿仓熟普洱散茶)和38．71％(湿仓熟普洱饼茶)。
(3)普洱茶的茶褐素含量在贮存过程中的变化规律性好，除了渥堆发酵的熟普洱茶(含熟散茶和熟饼茶)在干仓贮存中基本保持不变外，其余均增加，尤以贮存于湿仓中的生普洱茶为甚，
分别由贮存前期的4．86％(生普洱散茶)、4．46％(生普洱饼茶)增至2年期时的10．49％(湿仓生普洱散茶)、8．62％(湿仓生普洱饼茶)，增加一倍左右，已快达到渥堆发酵普洱茶的一般水平，这些色素的综合变化，就促成汤色逐渐变深。