在普洱茶收藏日渐升温的同时，收藏者有许多疑惑和困难影响了普洱茶的收藏。
第一，选择之惑
普洱茶品种繁多，野生茶、古树茶、台地茶、新茶、陈茶、生茶、熟茶、晒青、烘青、渥堆发酵、干仓、湿仓、饼、砖、坨、柱……名词众多，对于普通收藏者来说，短时间内很难弄明白。加上云南茶厂众多，究竟哪一个厂的哪一批什么品牌的茶值得收藏等等问题，别说刚刚涉足普洱茶收藏的新手，就是老手有时也会难免糊涂。因此什么样的普洱茶有收藏价值，这是收藏普洱茶首先要解决的问题，也是最难解决的问题。
第二，收藏之惑
不是所有的普洱茶都具有收藏价值，也就是说要收藏普洱茶，首先要选择投资收藏级的普洱茶。那么哪些普洱茶是投资收藏级的呢？这并不像法国波尔多的葡萄酒，有一个被市场接受的、公认的标准。因此，目前大多还是靠感性认识，主要来自靠市场、厂家、专家等的综合信息得出收藏的决定。对于大多数收藏者来说这也是一大难题。
第三，贮藏之惑。
无论是对个人还是集团，普洱茶的贮藏都是一大难事。普洱茶收藏储存场所需要安全可靠和科学的贮藏方法，适宜的储存条件、储存能力和质量保证是普洱茶收藏投资增值的条件。但这些对于需要大量贮存普洱茶的收藏者来说，是非常困难的。
第四，个人收藏之惑。
对于普洱茶的个人收藏者来说，面临最棘手的问题是来自资讯方面的缺乏，没有可靠及时的资讯，就会失去许多很好的收藏机会。同时也会失去很多出售的商机。在收藏市场，资讯决定了一切。要保证低进高出，良性循环，没有资讯的保证就等于没有了眼睛。
第五，品质之惑
目前国家还没有出台统一规范科学的关于普洱茶的质量标准体系，这就给普洱茶的品质鉴别带来了困难。由于普洱茶市场的看好和一路走红，也给一些不法商人和单纯追求短期利益的厂商一个可趁之机，普洱茶产品的质量出现了良莠不齐，甚至出现假普洱。普洱茶不但是农副产品，更是文化产品，古典字画的市场价格都在各种媒体发布，而普洱茶现在的流通价格太暧昧，导致所谓“水深”、“水浑”，严重影响了消费者购买信心，很多人知道普洱茶好，但就是不敢买。因此如何保证所收藏普洱茶的质量，也是收藏者必须解决的问题。
第六，收藏投资的商业流程之惑。
尽管你有很好的普洱茶收藏品，但你却没有得到应有的投资回报，那是因为你对收藏投资的商业流程还不了解，但要熟练掌握这些复杂的流程又是很困难的。
第七，发展之惑。
作为生产厂家，明明知道自己生产出一批具有收藏价值的产品，留下一部分作为收藏，保证比立即出货利润高得多。但不出货，产品不能变现，又影响下一步的生产，不得已只有忍痛割爱，这是普洱茶生产商的发展之惑。