1、属性区别：六堡茶，属黑茶类。六堡茶：在梧州市行政辖区范围内，选用苍梧县群体种、广西大中叶种及其分离、选育的品种、品系茶树的鲜叶为原料，按特定的工艺进行加工，具有独特品质特征的黑茶。
2、普洱茶是以中国云南省一定区域内云南大叶种晒青毛茶为原料，经过发酵加工成的散茶和紧压茶。其中包括历史上经自然发酵而成的普洱茶（存放也是一种加工方式），也包括现今人工发酵和自然发酵的普洱茶。目前也归类为黑茶。
3、工艺区别：六堡茶的制作分为鲜叶萎凋、揉捻、切碎、渥堆、烘干等工序。
4、普洱茶的采制工艺：初制毛茶分为春、夏、秋三个规格。春茶又分春尖、春中、春尾三个等级，夏茶又称二水，秋茶称为谷花。
5、品质区别：六堡茶汤色红浓，滋味浓厚醇和，含槟榔香气，风味独特。该其具有清热润肺，消滞去积的功效。
6、普洱茶色泽黑褐或褐红，汤色红浓明亮，滋味醇和回甜，具有特殊的陈香气，耐贮藏，以越陈越香著称，适于烹用泡饮。